Nowo narodzone kocięta są ślepe przez co matkę odnajdują po zapachu. Można powiedzieć, że węch jest to jednym z najważniejszych zmysłów jakie posiadają i pierwszym aktywnym zaraz po urodzeniu. Kocie powonienie jest kilkanaście razy silniejsze od ludzkiego, a najsilniejsze w porach wieczornych co wynika z jego natury myśliwego. Dzięki zmysłom węchu koty potrafią się ze sobą komunikować, a także dostrzegać ewentualne niebezpieczeństwa. Koty używają sygnałów zapachowych takich jak mocz, kał, feromony policzkowe oraz feromony wydzielane spomiędzy poduszek łap, co jest naturalnym zachowaniem przypisanym ich gatunkowi.
Warto zaznaczyć, że każdy z sygnałów zapachowych ma inne znaczenie. Kot informuje o granicach swojego terytorium poprzez znaczenie odchodami, poprzez ocieranie się zacieśnia relacje społeczne w grupie, natomiast drapiąc meble informuje inne koty o swojej obecności. Każde z tych zachowań m także inne wyjaśnienie oraz może być przeznaczone nie tyle do innego kota ale i dla człowieka. Jeśli kot załatwia swoje potrzeby fizjologiczne poza kuwetą może nie tyle chcieć zaznaczyć obszar swojego panowania co okazać, że nie czuje się komfortowo lub zmiany jakie zaszły w ostatnim czasie powodują u niego stres. Oddawanie moczu poza miejscem do tego przeznaczonym może także być sygnałem choroby, dlatego jeśli nie mamy pewności, że nasz pupil doświadcza z jakiegoś powodu dyskomfortu, należy kontrolnie zgłosić się do weterynarza.
Koty posiadają specjalny organ zwany narządem Jacobsona, którym pozwala jeszcze intensywniej odczuwać zapachy. Jest to narząd zwany również lemieszowo-nosowym, który znajduje się w podniebieniu. Dzięki niemu koty są w stanie identyfikować feromony oraz różne substancje wabiące, w tym kocimiętka. Aby korzystać z tych przymieleszowych narządów, koty wykształciły umiejętność zwaną flehmen. Polega to na tym, że kociak lekko otwiera pyszczek, unosi górną wargę i w specyficzny sposób zasysa powietrze przy jednoczesnym przyciskaniu języka do podniebienia. Można powiedzieć że w ten sposób smakuje powietrze, ponieważ narząd ten który skupia w sobie receptory węchowe pozwala na odbiór zapachu jak i smaku.
Feromony, które wychwytywane są przez organ Jacobsona to nic innego jak sygnały chemiczne wysyłane w postaci śliny, moczu, odchodów czy także innej wydzieliny. Dzięki takim reakcjom koty bezdźwięcznie mogą komunikować innym osobnikom swoją obecność na danym terenie, przekazywać o sobie informację, ale także sygnalizować gotowość do rozrodu.
Nie należy jednak mylić odbioru feromonów z odbiorem zwykłych zapachów. Ponieważ o ile pierwsza sytuacja – flehmen, jest reakcją celową, o tyle percepcja pozostałych zapachów jest całkowicie spontaniczna.